Os PIS gerados juntamente com a emissão da CTPS não alimentam automaticamente a base do CNIS. Desta forma, no caso do primeiro emprego do trabalhador, ou trabalhador estrangeiro, apenas após a primeira admissão ser inserida no SEFIP (atualmente), passa a compor a base de dados da qualificação cadastral, para as próximas consultas. Nesses casos, quando o usuário transmitir o evento S-2200 para o trabalhador, o sistema apresentará o alerta sobre a falta de qualificação cadastral, mas isso não impede a admissão.

O empregador poderá antecipar a atualização da base do CNIS, utilizada na qualificação cadastral, por meio da opção “Cadastro NIS”, do Conectividade Social ICP, da CAIXA.

Fonte: https://portal.esocial.gov.br/institucional/ambiente-de-producao-empresas/perguntas-frequentes-producao-empresas-e-producao-restrita